De Slavenkas Zierikzee wordt bestuurd door een college van zes commissarissen. Dit college wordt ondersteund door een secretaris-boekhouder.

De Slavenkas is een zelfstandig fonds met een bijzondere rechtspositie. De instelling dateert van vóór de invoering van het Burgerlijk Wetboek en ontleent daaraan haar juridische zelfstandigheid. Voor de Slavenkas geldt het bij de oprichting in 1735 vastgestelde reglement, inclusief de daarin aangebrachte wijzigingen.

Daarnaast is een aanvullend reglement van kracht, dat mede is bekrachtigd door de raad van de voormalige gemeente Zierikzee en waarin de huidige werkzaamheden en verantwoordelijkheden zijn vastgelegd.

De Slavenkas beschikt over eigen geldmiddelen. De opbrengsten uit het vermogen, met name de rentebaten, worden aangewend voor de uitgaven die passen binnen de doelstelling van het fonds.